公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，得扣除「前5年」虧損之規定，於98年1月21日修正為「前10年」虧損，惟企業併購法第38條並未同步修正，仍以「前5年」虧損為限。

公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，依企業併 購法第38條規定，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，可以將各該參與合併之公司於合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之前5年內各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除。

甲公司於93年6月與乙公司合併，甲公司為存續公司，乙公司為消滅公司，甲公司100年度營利事業所得稅申報將各該參與合併之公司於合併前經稽徵機關核定尚 未扣除之各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之92年度虧損金額199,000仟元及93年度虧損金額4,000仟 元，自純益額中扣除。

經國稅局查核結果，企業合併繼受之盈虧互抵期限以5年為限，甲公司申報之 92年度虧損金額199,000仟元及93年度虧損金額4,000仟元已逾盈虧互抵5年期限，否准自純益額中扣除。

公司合併時各參與合併公司應注意合併後股權比例計算及5年盈虧互抵年限，以免被調整補稅。