財政部臺北國稅局表示，藥局依處方箋調劑藥品取得之調劑費及藥品費收入，為藥師、藥劑生提供之專業性勞務非屬營業稅課稅範圍，藥局無開立統一發票予買受人的問題，若藥局銷售非屬醫師處方藥品者，應依規定報繳營業稅，經核定使用統一發票之藥局，自應依規定開立統一發票交付買受人。
該局表示，經派員訪查時發現，民眾至藥局購買非處方箋用藥時，藥局漏未開立統一發票交付消費者，經國稅局依違反加值型及非加值型營業稅法第51條及稅捐稽徵法第44條規定予以補稅處罰。
該局進一步說明，因處方箋調劑藥品，非經醫師處方不得調劑供應，因此向健保局領取之調劑費及藥品費，係屬藥局專營藥品調劑供應業務之收入，核屬主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅，尚無課徵營業稅及開立統一發票問題；至於銷售一般藥品及其他貨物應依法辦理營業登記，若為使用統一發票營業人，則應開立統一發票交付消費者。
該局同時提醒，藥局除經營依醫師處方箋調劑用藥業務外，還兼售一般藥品及其他貨物如維他命、奶粉、尿布等，請檢視以往銷售情形，如有應開立未開立統一發票之情形，請儘速依稅捐稽徵法第48條之1規定，在未被檢舉或被查獲前自動向所屬稽徵機關辦理補報補繳所漏稅額，以免因違章漏稅而遭受處罰。
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